与工商注册登记有区别的是，外国企业在日本一旦设立办事处，则有可能要承担日本国内的纳税义务。工商登记与纳税义务并非是对等关系，比如即使办理了工商注册，在日本也可能不发生纳税义务。
一般情况下，若有关企业的驻日本办事处被看成是外国企业的“永久性设施”（Permanent Establishment,俗称PE）时，则该外国企业成为在日本国内的纳税义务者。换言之，该企业在日本向日本政府以及当地税务局申报企业整体得到的经营利润与收入等，对于其中应归于在日本国内的永久性设施的这部分收入按规定计算出的税金额度交纳税金。
“永久性设施”是，外国公司所在国与日本国政府之间缔结的双边税务条约而定义的，简单概括为在日本从事商业经营活动的联络机构。反之，不在日本从事商业经营，仅仅限于商业活动以外业务的驻日办事处，则不被看成永久性设施，因此不成为外国企业的纳税根据。不属于永久性设施的活动范围为（各项均以不设计生产经营为前提）：宣传、广告、提供商品、市场等有关信息、情报，市场调查，基础研究，协助执行生产性活动的其他活动（即指不产生营业收入的活动）。
（1）如果外国企业试图保持在日本的免税地位，必须注意遵守几项纪律：
①驻日本办事处的全体职员即使在日本国外，也照不得从事实际销售活动（如果让这些全体职员被附属的分公司同时雇用的话，在日本国外进行的销售活动就作为以所属日本国外分公司职工的资格而实施，而不是日本分公司所为。这样，问题就可以大体上迎刃而解）。
②顾客通过设在日本的外国企业的办事处达成合同，不能包含为签署有关具体的销售或正在进行中的生产的实质性谈判，或这些合同的履行。
③在促进一般销售开发活动限度内，可以提供情报和报价单；但是外国企业不能向特定的顾客或用户进行具体的市场开发活动，或者在有可能实际发生商业交易的地方就价格或其他问题进行协商。
④外国企业的日本办事处不能代表本公司成为日本顾客递送服务要求指令的地点。如果该指令是通过办事处发送的，那么，必须明确的是接受指令、询价、谈判以及履行最终销售合同的最终决定权将完全归属于母公司管辖。
⑤驻日办事处不能插手于在日本顾客和其母公司之间送达购销请求与购销回盘。
⑥为了满足日常运转的需要，驻日办事处可以从事设备的租赁和购买、雇用职员、缔结供货合同。
（2）日本法人税（外国公司与日本法人两者相比较）。若是外国公司设立在日本的联络办事处不能切实遵守如上的纪律或被日本税务管理部门认定违反了相关法规，则有可能当作外国法人的分公司来征收法人税。但日本法人与外国法人的分公司（支店）之间就法人税税率来看，基本上不存在多大的差异，甚至在法人地方住民税、事业税方面也是如此。但是由于法人资格、形态不同，针对日本法人（即以100%出资方式按日本株式会社法组建的完全控股的子公司）本国的母公司分配的经营利润则必须按20%的比例征收源泉税（非居住者），但彼此政府之间缔结有租税条约的除外。相对地，外国分公司和本国母公司进行的缴纳法人税之后的利润上缴则不会征收源泉税。
日本法人不仅要承担上述在日本国内的源泉所得税，而且还要承担在海外的源泉所得税，因为它可以享受外国负税金额部分的扣除待遇。
在日本拥有分公司（支店）的外国法人，除了可以使用双边租税条约之外，其分公司的所得及该外国公司所有的在日本国内的源泉所得利益均必须征税。
设立日本法人时，必须遵循日本外汇管理法以及商法等有关法规，并且根据经营的事业项目性质，还要受到日本反垄断法以及各种事业限制法的约束，尤其反垄断法要求外国公司拥有日本法人的股份时，必须向公正交易委员会汇报各事业年度最终日以后3个月内获得该股份的交易情况。
法人税的税率：资本金在1亿日元以下的法人，年度收入800万日元以下时为25%；其他所得收入为34.5%。
若外国公司的分公司获日本法人转让房地产或其他类似资产，产生额外利润时，除必须缴纳通常的法人税之外，对该转让利润部分按5%的税率追加土地增值税，而对于拥有时间少于5年以下的短期持有的土地等的转让交易征收10%的土地增值税。1998年1月1日~2000年12月31日期间，这项税收制度暂不予适用。
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